薬師院は昭和27年に県庁へ寺として届けた。院の責任役員記録が保管されている。
大春（たいしゅん）禅師が享保元年(1716）に薬師院を開いた。薬師院開祖からの位牌があり、最古のものは享保年間（1716）である。大坪村代々の庄屋、日比朝右衛門の墓標が薬師院にある。また、中世平安時代のものかと言われている五輪塔がある。
薬師院本尊の前を素通りする人が必ず馬から落ちるという障（さわ）りがあったため、いわば目印として地蔵を設置し、薬師院本尊へのお参りを促した。
薬師院に本尊があるからこそ区民が健康でいられるという考えから、本尊の場所を移動することは拒んでいる。